愛華網(wǎng)1962年3月，“戰(zhàn)地政務(wù)委員會”籌備處成立（主任蔣經(jīng)國、副主任夏季屏），隸屬“國防會議”，負(fù)全部戰(zhàn)地政務(wù)政策的制定、審議、協(xié)調(diào)及督導(dǎo)之責(zé)。1963年11月，顧祝同連任第九屆中央評議委員。1965年3月，“副總統(tǒng)”陳誠病逝，顧奉派為治喪大員。1966年，任私立強恕中學(xué)董事長。1967年2月，“國防會議”改組為“國家安全會議”，年事已高的顧祝同主動讓賢，向蔣介石提出由蔣經(jīng)國的親信黃少谷任秘書長，自己改任副秘書長，繼續(xù)留在權(quán)力中心發(fā)揮其長老的影響。
1969年4月，連任第十屆中央評議委員。1972年夏，戰(zhàn)略顧問委員會被撤銷，顧祝同改任“總統(tǒng)府”陸軍一級上將戰(zhàn)略顧問，旋又受聘為“中國孔學(xué)會”榮譽理事長。1973年4月，擔(dān)任臺北市江蘇同鄉(xiāng)會名譽理事長。
1975年蔣介石去世后，蔣經(jīng)國在顧祝同等人的呵護(hù)推舉下，當(dāng)上了國民黨中央主席，順利接班。顧祝同認(rèn)為自己完成了蔣介石賦予自己的托孤“重任”，于是向蔣經(jīng)國提出辭去一切職務(wù)的請求。蔣經(jīng)國見顧祝同已是耄耋老人，難以再有大的作為，便給他安排了一個“中央評議委員會主席團(tuán)主席”的榮譽職位，使顧祝同 體面地離開了最高決策圈。
1976年11月，顧祝同連任第十一屆中央評議委員，并任中央評議委員會主席團(tuán)主席。1981年4月，連任第十二屆中央評議委員及主席團(tuán)主席。1982年，他90大壽之日，蔣經(jīng)國曾授予“中正勛章”，成為臺灣獲頒“中正勛章”的第一人。
晚年生活 敗退臺灣后，顧祝同的身體一直很好，能經(jīng)常參加一些社會活動。
顧祝同盡管不培植私黨，但他的老鄉(xiāng)觀念、同學(xué)觀念還是很濃厚。他對王敬久、王仲廉、冷欣、韓德勤、方先覺等同鄉(xiāng)的提拔是很盡力的，他的子弟輩如顧希平、顧錫九、顧心衡、顧新葆、顧祝君也都是他培養(yǎng)起來的。凡江蘇人特別是漣水人，他都特別親密。顧祝同對能夠帶兵打仗的軍官非常鐘愛，即使其犯了軍紀(jì)，也常從輕處理。一次，一個連長外出賭錢，兩個排的士兵乘機(jī)攜槍逃跑。警衛(wèi)將其押去見顧祝同，當(dāng)顧得知此人是黃埔第四期學(xué)生，已當(dāng)了兩年連長，打仗也很在行時，便不加責(zé)罰，只命他回隊伍到軍械處領(lǐng)取兩個排的槍支，自己把兵補起來，并趕快訓(xùn)練好。他對團(tuán)長以上軍官，每月都發(fā)一筆補助；營級軍官雖沒有明補，但每人每月可透支100元軍費；連長吃幾個空額也不追究；年紀(jì)大了不能再當(dāng)兵的，就安置到他創(chuàng)辦的農(nóng)場里，或資助一筆錢，讓他們經(jīng)營小商業(yè)。他對部下的寬厚，籠絡(luò)了不少人。他這一套辦法，使他在國民黨軍隊中獲得了“軍中圣人”的美名。到晚年，他的部下常去看望他，大家都敬重地稱他為“墨公”。
1973年5月，82歲的顧祝同與何應(yīng)欽一起，興致勃勃地參觀訪問了金門與澎湖諸島。在金門時，他特地參觀了炮兵工事，看得非常認(rèn)真仔細(xì)，直夸工事整修得堅固。那天天氣很好，他舉著高倍望遠(yuǎn)鏡，對著大陸方向，凝視了足有十幾分鐘，剛才還談笑風(fēng)生的顧祝同，一下子變得沉默寡言。人們在一旁站著，也不敢打攪他。顧祝同在想什么呢，是想他的故鄉(xiāng)江蘇漣水的顧家莊？還是回憶他留在大陸的親朋好友？流落海島已二十多年，不能再踏上故土，這絕不是顧祝同始料能及的 。
從炮兵陣地出來，顧祝同與何應(yīng)欽一起談?wù)撛诖箨懙耐?，他們談起?925年的那場棉湖之戰(zhàn)。何應(yīng)欽拉著顧祝同的手對別人說：“我的命可是顧上將撿來的，當(dāng)時要不是他帶人沖得快，再晚半個小時，我就有可能去見閻王爺了?！?顧祝同說：“老長官，那不是我有功，是你的命大，閻王爺不收你?！币环捳f得眾人 大笑。
離開了權(quán)力中心的顧祝同，身心輕松了許多，他把剩余的精力都放在了尊孔讀經(jīng)上，大唱重整道德的高調(diào)。一些知情者為此在私下譏諷說：“顧墨三年輕時花天 酒地，死到臨頭了又變成了一個道學(xué)先生了。真是可笑！”顧祝同早年在私生活上確實有些放蕩，但他善于偽裝自己，所以很少有人知道他辦了哪些荒唐事，因此他才騙取了一個“軍中圣人”的稱號。
到了臺灣之后，隨著年事的增高，顧祝同已沒有精力再干偷香竊玉的事了，便又?jǐn)[出“道學(xué)先生”的樣子，大談禮義廉恥。在百無聊賴之際，顧祝同從1982年起，開始口述回憶錄，名為《墨三九十自述》，由其秘書記錄整理后出版。
顧祝同的晚年生活很有規(guī)律。他每天早睡早起，一直保持著散步的習(xí)慣。顧喜歡養(yǎng)花，認(rèn)為養(yǎng)花不僅能陶冶性情，還能鍛煉身體，不管是買花，還是養(yǎng)花、賞花，對身體來說，都是鍛煉。顧祝同家里養(yǎng)了很多花，走進(jìn)他家就像進(jìn)了百草園，因為長時期養(yǎng)花，顧祝同也仿佛成了園藝師，對養(yǎng)花很有研究。
1985年8月10日，已是94歲高齡的顧祝同突然感到頭昏腦漲、周身不適、血壓陡然升高，家人當(dāng)晚把他緊急送到臺灣三軍總醫(yī)院治療。經(jīng)醫(yī)生診治，顧祝同患了老年性高血壓，服用了藥物后，血壓很快就恢復(fù)了正常。因此，顧祝同第二天便出院回家了。8月12日，顧祝同一時又起雅興，前往花市賞花。此時，正值盛夏酷暑，烈日炎炎之下，老人本不宜外出，患高血壓還未痊愈的顧祝同把醫(yī)生的好心勸告當(dāng)成了耳旁風(fēng)，結(jié)果，當(dāng)晚返回寓所后，他就感到陣陣頭暈，眼前發(fā)黑，送到醫(yī)院后被診斷為高血壓引起的腦部微血管阻塞，顧祝同只好住院接受治療。顧從此住進(jìn)醫(yī)院，臥床不起，并吐詞不清，妻子兒女們終日陪伴著他。他在黃埔軍校執(zhí)教時的學(xué)生、老部下、老友人黃杰也在隔壁病房住院，時常乘坐輪椅過來問候。1987年1月17日凌晨4時20分，顧祝同因病重不治，死于臺灣三軍總醫(yī)院，終年 96歲。
顧祝同與夫人楊朝云，是顧早年在家時由家長做主結(jié)婚的，生有一兒一女。在擔(dān)任第3師師長時，他又娶了許文蓉。許氏為蘇州大家閨秀，琴棋書畫、吹拉彈唱無一不精。顧專門為她在上海 購買了一套別墅，將楊氏的一對兒女也接來上海，由許氏撫養(yǎng)。楊氏一人孤寂地在蘇州生活，不久死于大火。顧祝同共有子女十人。
兩個兒子分別叫潮生和福生；八個女兒是開生、惠生、省生、瑞生、錦生、永生 、玨生和璉生。
顧祝同的二公子顧福生，1935年出生于上海，成年后他選擇了美術(shù)之途。顧家為顧福生在院子里另筑有一間畫室，使他能全心投入藝術(shù)創(chuàng)作。在臺灣師大期間，他與人組織了“五月畫會”，后來他長期在歐、美研究畫藝。他創(chuàng)作的主題是“人”，盡管他的作品不是以傳統(tǒng)中國藝術(shù)方式呈現(xiàn)，但總能顯示出他的中國背景。他經(jīng)常使用金銀箔、麻繩、瓦楞紙及花布等多種材料同時并用，使作品產(chǎn)生多樣趣味和東方特質(zhì)的美感。他的作品，有一點像莫地里亞尼拉長變形的人體造型、畢費筆直利落的人物線條，以及他所采用的寒冷色調(diào)，被他的好友，作家白先勇（白崇禧之子）稱之為“青澀時期”。白先勇是這樣說顧福生的：顧福生的畫“完全以人為中心，富有文學(xué)性，而且具有悲劇精神”?！八麆?chuàng)造了一系列半抽象人體畫。在那作畫的小天地中，陳列滿了一幅幅青蒼色調(diào)、各種變形的人體， 那么多人，總合起來，卻是一個孤獨，那是顧福生的‘青澀時期’?！边@個“青 澀”的藝術(shù)家，個子不高，有一張青春俊秀的臉孔，他安靜、誠懇，是臺北文藝圈知名的美男子。難能可貴的是，他作畫的時候?qū)Ｐ睦洌瑸槿丝捎H善良。1961年12月14日，顧福生的作品“脹”獲巴西“圣保羅國際雙年展”的榮譽獎。白先勇的幾部重要小說的封面插畫總是啟用顧福生的圖畫，如臺灣允晨出版的《孽子》、臺灣爾雅出版的《臺北人》二十周年典藏版等。顧福生也是白先勇少數(shù)幾個 重要朋友之一。
顧祝同的女婿陶鴻杰（原國民黨中將陶一珊之子）是臺灣“中華國際貿(mào)易協(xié)會”理事長，曾任臺北市電腦商業(yè)同業(yè)公會首任理事長、洪都拉斯駐華名譽總領(lǐng)事以及美國加州佛列斯諾市名譽市民。他歷來主張海峽兩岸攜手合作，共同占領(lǐng)國際 市場，賺外國人的錢。
